Mapy a grafiky Čech, Moravy a Slezska představují asi jedinou část sbírky, které byla během 19. a 20. století věnována pozornost. Srovnání s původním stavem bohužel ukazuje na značné ztráty, částečně došlo i k doplňování souboru. Současná podoba tedy neodpovídá stavu z doby vzniku, i tak však dosud obsahuje řadu zajímavých děl. Přestože Mollův atlas vznikl až v 40. a 50. letech, zahrnuje území celého Slezska, včetně knížectví ztracených po válkách o rakouské dědictví. Podobně jako části věnované rakouským zemím a Uhrám je doplněn o řadu kreseb autora či dílny používající siglu Geyer, která zobrazují důlní díla a antické památky. V mapografických katalozích jsou tato vyobrazení doplněna obšírnými komentáři, zaslanými Mollovi znalci místních poměrů (z Moravy např. Dismasem Josefem Ignácem von Hoffer). Pozornost si zasluhuje i rozsáhlý soubor různých tiskových variací Komenského mapy Moravy.
