Patrně nejhodnotnější část Mollovy sbírky, i když pro laika asi nepříliš atraktivní, tvoří originální mapografické katalogy. Nejedná se o pouhou evidenci map a grafik obsažených v kolekci, ale v mnoha případech o podrobnější záznamy o jednotlivých položkách a také o mapách, které sice ve sbírce obsaženy nejsou, ale o jejichž existenci měl Bernard Pavel Moll povědomí. Bývá v nich podrobněji vysvětleno, co daná díla zobrazují a jaké byly okolnosti jejich vzniku. Zvláště v případech četných kresebných znázornění obsahují katalogy informaci nebo rovnou celý přepis zpráv lokálních informátorů, na jejichž základě byla vyobrazení zhotovena. Pro oblast Moravy byly například podkladem relace zemského úředníka a známého historiografa Josefa Dismase Hoffera. V případě uherských zemí představují Mollovy mapografické katalogy vůbec první pojednání o kartografickém zobrazení daného území. Některé katalogy se dochovaly v několika verzích, či ve výtazích; do souboru jsou tradičně řazeny i svazky, které mají sice spojitost se sbírkou, ale vznikly až s odstupem k době jejího vzniku. Další varianty katalogu existují v Budapešti, Grazu a Innsbrucku. Geyerovy kresby byly zjištěny v berlínské Státní knihovně